:وظایف دبیرخانه به این شرح است

- برگزاری جلسه کمیته دستگاهی؛

- برگزاری جلسه منظم با گروه‌های علمی دانشگاه؛

- دریافت طرح‌نامه‌های ارسال شده به دبیرخانه؛

- هدایت و راهنمایی استادان دانشگاه جهت برگزاری کرسی؛

- معرفی ناقدان و داوران پیشنهادی جلسه کرسی‌ها به کمیته دستگاهی؛

- ارسال مدارک جلسه‌ی کرسی‌ها به مسئولان دانشگاه و دبیرخانه هیئت حمایت از کرسی‌های نظریه‌پردازی، نقد و مناظره؛

- پیگیری جهت برخورداری ارائه‌دهندگان کرسی از حمایت‌های مختلف ذکر شده در آیین‌نامه اجرایی کرسی‌های نظریه‌پردازی، نقد و مناظره دانشگاه اراک؛

- تهیه و تنظیم خطی مشی های کلان و سیاست‌های خرد برنامه‌ای و اجرایی و پیشنهاد آن به هیئت جهت تصویب؛

- هدایت و نظارت بر انجام کرسی‌ها؛

- تهیه و پیشنهاد برنامه و بودجه سالیانه به کمیته دستگاهی؛

- مدیریت جلسات کرسی‌ها و کمیسیون‌های علمی؛

- صدور احکام اعضای جلسه کرسی‌ها و کمیسیون‌های علمی؛

- تهیه، تنظیم و ارائه هرگونه پیشنهاد و طرح جهت برگزاری بهتر کرسی‌ها؛

- ارزیابی علمی کرسی‌های برگزار شده و ارائه پیشنهادهای تکمیلی جهت بهینه‌سازی روند اجرای کرسی‌ها؛

- هدایت کرسی‌ها و نظارت مستقیم برنحوه‌ی اجرا و کیفیت علمی آن‌ها؛

- تنظیم توافق‌نامه‌ها با دانشگاه‌ها، مراکز علمی، نهادها و... جهت اجرا و گسترش کرسی‌ها؛